牙医完成口腔检查并透过口腔全景X光片，已知智慧齿生长的状况，经判断风险后，可进行拔除阻生智慧齿手术。首先需要局部麻醉口腔及牙龈四周，因为阻生智慧齿隐藏在牙龈下，所以要将牙龈割开并翻起，以助于移除阻碍着智慧齿长出的牙骨和牙肉。
手术时，医生会将智慧齿切成数个部分再取走。移去智慧齿后，伤口清洁干净后，再作缝合止血以加快疗合的速度。一般手术后肿痛的情况会维持两至三日，复元期约一星期。
需要3D 立体扫瞄？
为减少拔除智慧齿的并发症风险，在牙医建议下，可以拍摄 3D 立体扫瞄。其原理是采用3D X光及锥状射束电脑断层扫瞄的技术，从三维立体影像中分析出智慧齿及神经线的准确位置，以便在手术中把牙齿分割成小份后移除，降低因摆动牙脚而引致牙槽神经受损及并发症的风险。如果是风险证实比较高的案例，我们可考虑采用牙冠切除法（Coronectomy）。
牙冠切除法？
牙冠切除法（Coronectomy）只需切除智慧齿牙冠而不必拔去牙脚，把部份没感染的牙脚留在牙骨槽，减低直接伤害到神经线的风险。基本上这种处理智慧齿的手术过程及术后反应与普通拔除智慧齿的手术并无太大分别，术后肿痛情况亦不会特别严重。
手术后的半年至两年期间，亦建议需要定期透过X光片去评估留下的牙脚有没有什么异样及需要处理的情况。如果发现牙冠切除后牙脚慢慢浮上来，甚至感觉或者触摸得到，就有机会要再进行手术把牙脚拔除，而相对的手术程序亦会比较简单。
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